2001 年 9 月，選舉產(chǎn)生了第三屆理事會 , 原水利部副部長朱登銓擔任第三屆理事會會長 。

        第三屆理事會產(chǎn)生后 , 在機構(gòu)設置 、會員發(fā)展和業(yè)務開拓等方面 進行了調(diào)整 。

        會員發(fā)展方面突破了原有限制 : 一是突破所有制限制 , 允許各種所有制的企事業(yè)單位加 入?yún)f(xié)會 ; 二是突破行業(yè)和系統(tǒng)限制 , 鼓勵任何與水利相關的企事業(yè)單位加入?yún)f(xié)會 。 在兩個突破的激勵 下會員隊伍迅速發(fā)展 。根據(jù)水利部黨組的要求 , 社團必須要掛靠司局或有行政職能的事業(yè)單位 。協(xié)會成立之初掛靠在水利部綜合開發(fā)管理中心 , 水利事業(yè)單位體制改革后掛靠水利部綜合事業(yè)局 , 業(yè)務主管司局為水利部經(jīng)濟調(diào)節(jié)司 。協(xié)會獨立設置辦事機構(gòu) , 獨立開展各項活動 。

       第三屆理事會自 2001 年 9 月 ~2005 年 9 月 。

       第三屆理事會領導班子 、分支機構(gòu)及內(nèi)設機構(gòu) 

       ( 一 ) 領導班子 

       ( 二 ) 分支機構(gòu) 

       分支機構(gòu)如下 : 地方電力分會 、機械分會 、灌排企業(yè)分會 、受部委托 、代管中國灌區(qū)協(xié)會 、 中國水利水電勘測設計協(xié)會 。

       ( 三 ) 內(nèi)設機構(gòu) 

       內(nèi)設機構(gòu)有 : 辦公室 、研究部 、培訓咨詢部 、 國際合作部